I frati francescani (o Frari) sono venuti a Venezia nel 1222, ma non possedevamo una casa finché Doge Jacopo Tiepolo, nell'anno 1236, gli regala una terra che non e mai stata reclamata, vicino la loro abbazia benedettina. La chiesa che hanno costruito, dedicato nell’anno 1280, allargando l'abbazia, era più piccola di quello che vediamo oggi. La costruzione della chiesa attuale e iniziata poco tempo dopo nell'anno 1340, ma lavori erano lenti – e la vecchia chiesa continuava ad essere usata fino 1415, ma e stata demolita poco tempo dopo per finire la parte ovest della navata. La nuova chiesa e stata finita nell’anno 1442, e consacrata 1492.
Il Palazzo, costruito nella seconda metà del sec. XV, dalla famiglia Pisani, è situato in uno dei punti più affascinanti del Canal Grande tra il ponte di Rialto e Ca' Foscari. Eretto in stile gotico fiorito, subì dal XVI sec. numerose modifiche e restauri fino ad assumere l'aspetto attuale del XVIII sec. con gli ultimi importanti lavori. L'imponenza architettonica della facciata è dovuta alle splendide finestre gotiche dei due piani principali. La ricca decorazione barocca all'interno è opera degli artisti veneziani maggiormente in auge nel XVIII sec. quali Giambattista Tiepolo, Jacopo Guarana Gaspare Diziani e Giuseppe Angeli. L'imponente scalone a duplice rampa che porta all'ultimo piano appartiene anch'esso al periodo barocco e fu costruito in sostituzione dell'antica scala gotica esterna. Grazie ai restauri dell'ultimo decennio, al ripristino delle sue collezioni artistiche ed al recupero degli antichi mobili originali, Palazzo Pisani - abbandonato per molti motivi alla fine del secolo scorso - ha riacquistato parte dello splendore che nei secoli scorsi fu oggetto di ammirazione da parte di visitatori famosi tra i quali lo Zar Paolo di Russia, Giuseppina Buonaparte e Giuseppe II d'Austria.